此后，深圳市人口高速增长，城市公交也随之快速发展。由企业自筹资金且不需政府投资的城市公共交通运营车、公共中小型客车应运而生并迅速发展，其“招手即停”的营运方式，当时深受群众欢迎。1989年开始，一些实力雄厚、管理规范的公司进入公交市场，但公交市场仍然缺乏整体的规范化管理。如当时宝安县公共汽车公司组建后开辟了县城至罗湖区的专线及县城至西乡、固戍、上合、中医院4条公共汽车线路，县城内公共汽车票价0.2元，超出县城0.5元，专线票价更是高达2元，这一票价水平已与30年后的今天相当。

上世纪90年代至2010年前后，深圳市常规公交依托制度与模式的创新探索，进入规范化发展的快车道。

一是针对深圳市常规公交市场不规范、服务质量低下等问题，深圳市创新管理制度，实现常规公交市场的规范有序发展。1995年，深圳市城镇郊线公共汽车开始核发营运许可证，实行“四定”（定线行驶、定点停靠、定价收费、定时收费）管理。次年，开始实行专线经营、线路集体承包或企业直接经营制度，对单车承包、以包代管、线路多家经营的状况进行整治，并统一营运标志。2004年，深圳市公共交通（集团）有限公司引进先进投资管理理念，引入香港九龙巴士控股有限公司作为战略投资者，改制为中外合资的股份制公司——深圳巴士集团股份有限公司。

2006年，深圳市最后的十条中小巴线终止运营，95条线路2126辆公共中小巴彻底从特区内消失。

2007年，深圳市东部公共交通有限公司和西部公共汽车有限公司挂牌成立，部分原公交线路经营权顺利移交和18条公交新线正式开通，标志着深圳公交特许经营改革迈出重要一步。至2009年，“100%统一车身标识、100%线路经营权移交”的目标圆满实现，全市几乎所有公交线路已集中由巴士集团、东部公交、西部公汽三家企业经营。2008年，三层次公交线网首批36条公交线路正式开通，实现“网络分层次、线路分等级、车辆分颜色”，形成“三个层次、三级线网、三种颜色”的多模式、一体化、高品质的功能清晰、服务优秀的公交服务层次体系。

二是在模式创新的道路上，深圳常规公交走在全国前列，先后领先全国实现常规公交无人售票、IC刷卡支付、开放公交专用道等尝试。

1992年，深圳市公共汽车公司10路、203路在全国率先实行无人售票，标志着深圳城市公共交通向国际化标准迈出了历史性的一步。

1996年，深圳市公共交通（集团）有限公司全国首次启用公交非接触式IC卡系统。至此，深圳市常规公交解决了零钞短缺、兑换难的问题，开创了全国公交行业电子支付的新时代。

1997年，深圳建设第一条公交专用道，深圳市成为全国第一例开放公交专用道的城市。

2005年，深圳市首条绿色无障碍快速公交线——“捷运巴士”J1线正式开通。2007年，空港快线开通，以“准航空式”服务，将空中服务延伸至地面交通，真正全方位实现“空中地面的无缝对接”。

深圳交通中心编制的《深圳城市交通白皮书（2010版）》中首次提出了构建“公交都市”的战略定位。2010年发展至今，深圳市常规公交向科技创新驱动的国际化、高品质服务转变，构建了供需精准、绿色清洁、出行便捷的公交服务体系。

一是深圳常规公交依托科技创新手段，着重解决重点地区公交出行供需矛盾，打通公交服务“盲点”。2010年，《首批公共汽车线路规划方案》公布，规划了公交线路69条，首批规划线路解决大学城、坪西等146处的公交需求问题。2016年，深圳东部公交公司开通首批8条定制品质公交线路，开启e巴士品质公交的营运序幕。为满足市民多层次出行需求，有效解决“最后一公里”问题，西部公汽开通全市首批2条社区微巴线路，为轨道、快线、干线、支线等不同层次的地铁公交线网提供无缝接驳和喂给服务，实现公交网络向社区的延伸，满足社区居民短、频、快的出行需求。2019年，深圳巴士集团联合滴滴优点科技（深圳）有限公司在运营组织模式方面创新，通过移动互联网新技术，将常规公交与共享约车相结合，推出优加巴士，为市民提供“动态出行、随需而至”的公交服务模式。

二是常规公交绿色清洁经历了从示范运营、全线投放运营、全部纯电动化的过程。以2011年举办大运会为契机，深圳进入新能源汽车投入示范运营的快车道。2012年，首条纯电动大巴线路车辆全线投放。同时，以信息化、智能化为手段，从根本上突破传统公交运营组织模式和调度方式，探索新能源公交车辆运营管理模式，为未来纯电动大巴的继续投放、更大规模的集中运营积累经验。2016年，国内首批纯电动双层大巴投放运营。至今，深圳市常规公交已经实现了100%纯电动化。

三是依托新技术手段，打造出行便捷的公交服务。2011年，按照“反映特区风貌、强化公益功能、丰富导乘信息”的原则，设计了新一代公交候车亭样式。同年，“深圳通”车载终端设备全面改造，实现“手机深圳通”功能，弥补了国内手机刷卡乘车业务空白。2018年，随着地面终端的全面升级改造，全市所有常规公交车辆均实现了深圳通二维码支付。2020年，疫情防控期间，深圳启用智慧平台构建联防联控体系，使用交通“数据防疫”联动追踪系统，推出“车厢防疫安全距离预警系统”，实现市外返深包车、市内复工包车、防疫复工定制等多样化的防疫复工常规公交出行服务，保障复工复产有力有序，维护社会经济正常发展。